Jena gehört zu den reformatorischen Zentren in Thüringen. Schon in den frühen 1520er Jahren wirken in der zum Besitz der Ernestiner gehörenden Stadt reformatorisch gesinnte Prediger, die rasch die hier angesiedelten Klosterinsassen attackierten. Der städtische Rat scheint für die Neuerungen sehr aufgeschlossen gewesen zu sein, wie aus dem Briefwechsel mit Thomas Müntzer zu schließen ist. Luther besuchte mehrfach die Stadt und setzte sich in einer berühmt gewordenen Predigt 1524 mit Karlstadt auseinander, der von Orlamünde nach Jena gekommen war. Die frühen Visitationen nach dem Bauernkrieg zeugen davon, dass nun Jena fest lutherisch geworden war und mit der Gründung der Hohen Schule 1548 seinen festen Platz im Luthertum gefunden hatte.